Zusätzlich zur Auszeichnung als MINT-freundliche Schule wurde das Pius-Gymnasium im Jahr 2018 in das nationale Excellence-Schulnetzwerk MINT-EC aufgenommen. Diesem Netzwerk gehören derzeit 339 Gymnasien und Schulen mit gymnasialer Oberstufe an, die ein herausragendes mathematisch-naturwissenschaftlich-technisches Schulprofil aufweisen. Dadurch werden 360.000 Schülerinnen und Schüler sowie 29.500 Lehrkräfte teil des Netzwerks.
MINT-EC wird vom Arbeitgeberverband Gesamtmetall im Rahmen der Initiative think ING., den Verbänden der bayerischen Wirtschaft (vbw/vbm/bayme) und der Siemens Stiftung gefördert und steht seit 2009 unter der Schirmherrschaft des Präsidiums der Kultusministerkonferenz (KMK).
Durch die Mitgliedschaft im Netzwerk erhalten die Schülerinnen und Schüler den Zugang zu hochkarätigen MINT-Angeboten. In gleicher Weise werden die MINT-Lehrkräfte ebenso wie Schulleitungen durch Fortbildungsangebote und jährliche Tagungen in ihrer Arbeit unterstützt. Die Leistungen besonders herausragender Schülerinnen und Schüler werden am Ende ihrer Schullaufbahn mit dem MINT-EC-Zertifikat gewürdigt, welches sie zusammen mit dem Abiturzeugnis erhalten. Auch nach der Schulzeit besteht die Möglichkeit, sich als Mitglied des Alumni-Netzwerks mit anderen Schulen bzw. deren Alumni zu vernetzen und auf diese Weise von der Schulmitgliedschaft im MINT-EC-Netzwerk zu profitieren.